Organe der Stiftung sind der Stiftungsrat und der Vorstand. Ein Forschungsbeirat unterstützt und berät die beiden Gremien. Darüber hinaus sind drei unabhängige Jurys für die Vergabe der Wissenschaftspreise verantwortlich.

Dem Stiftungsrat gehören an:

Dr. Klaus-A. Gerstenmaier (Vorsitzender), Stuttgart
Prof. Dr. Gertrud Buchenrieder, München
Dr. Uschi Eid, Berlin
Prof. Dr. Michael Frei, Bonn
Peter Spiertz (stell. Vorsitzender), Neu-Ulm
Prof. Dr. Hans Wolff (Ehrenmitglied), München

Der Vorstand besteht aus:

Dr. Andrea Fadani, Ulm (Geschäftsführendes Vorstandsmitglied)
Dr. Isabel Greschat, Ulm

Der Forschungsbeirat besteht aus:

Prof. Dr. Albrecht E. Melchinger, Stuttgart
Prof. Dr. Joachim Müller, Stuttgart

Die Jury des Hans H. Ruthenberg-Graduierten-Förderpreises besteht aus:

Prof. Dr. Regina Birner, Universität Hohenheim
Prof. Dr. Ulrike Grote, Universität Hannover
Prof. Dr. Jochen C. Reif, IPK Gatersleben

Die Jury des Hermann Eielsen - Wissenschaftspreises besteht aus:

Prof. Dr. Mathias Becker, Universität Bonn
Prof. Dr. Eva Schlecht, Universität Kassel-Witzenhausen
Prof. Dr. Meike Wollni, Universität Göttingen

Das Kuratorium des Justus von Liebig-Preises für Welternährung besteht aus:

Prof. Dr. Joachim von Braun, ZEF Bonn
Anton van Doornmalen, Rijk Zwaan, Niederlande
Dr. Frank Plessmann, Angermünde
Prof. Dr. Lucia A. Reisch, Frederiksberg, Dänemark
Dr. Ursula Schäfer-Preuss, Potsdam